Pengolahan sampah di TPS 3R Mulyoagung Bersatu menggunakan konsep 3R (Reuse, Reduce dan Recycle) yang dilakukan dengan cara tradisional dengan memberdayakan masyarakat sekitar untuk melakukannya. Adapun penerapan konsep 3R tersebut diwujudkan ke dalam beberapa tahapan proses kerja TPS 3R Mulyoagung Bersatu melalui :
REUSE
Menggunakan kembali sampah yang terkumpul di TPS 3R lalu memilah sampah jenis tertentu seperti kantong plastik/ karung/ sak yang masih utuh untuk selanjutnya digunakan kembali sebagai wadah/ media packing hasil olahan sampah, sedangkan sampah oraganik sisa makanan (food waste) digunakan kembali untuk makanan budidaya maggot.
REDUCE
Mengurangi sampah yang telah dikumpulkan di TPS 3R dari rumah tangga layanan dengan cara memilah sampah tersebut untuk memisahkan antara sampah yang masih bernilai ekonomis dan bernilai guna dengan sampah residu. Selanjutnya sampah yang bernilai ekonomis dan bernilai guna dapat dimanfaatkan baik sesuai dengan nilainya (dijual atau digunakan untuk keperluan lainnya) untuk kebutuhan TPS 3R.
RECYCLE
Melakukan daur ulang atas sampah yang dapat di daur ulang dengan teknologi yang dimiliki. daur ulang sederhana di TPS 3R dapat dilakukan dalam bentuk pembuatan pupuk kompos yang berbahan baku sampah organik jenis daun-daunan, selain itu juga daur ulang dapat dilakukan dengan pembuatan pupuk cair atau sabun cuci tangan dari peengembangan Eco-enzyme yang berbahan baku dari sampah organik buah dan sayur-sayuran